У меня тоже всегда непрочитаное сообщение висит а внутри лички пусто. Там действительно пусто или я не вижу сообщений?
Когда летом папки с личными сообщениями за 8 лет удалили, то не прочитанные сообщения остались только в виде напоминания что они были. Чтобы избавиться от них надо просто чтобы на этот ник кто-то послал еще одно сообщение, и после его открытия напоминание о тех, которые пустые тоже пропадет.