Змеи - это, по сути, ящерицы и есть, просто очень специализированные. Раньше считалось, что они от вараноидов происходят, а теперь вообще от игуан)
Вообще сейчас деление чешуйчатых на три подотряда не катит, поскольку ящерицы - таксон парафилетический. Чтобы от парафилии избавиться, нужно Squamata либо разбить на 5 мелких подотрядов Serpentes, Amphisbaena, Gekkota, Autarchoglossa и Iguania, либо на два основных - Iguania (игуаны, агамы, хамелеоны) и Scleroglossa (вараны, гекконы, сцинки, змеим, амфисбены и т.д.). Второй вариант вроде чаще применяется.
Возможно, правильнее будет считать "змей" уровнем организации - специализированные безногие ящерицы, произошедшие от разных предков независимо. При делении на Iguania и Scleroglossa наглядно видно, что безногие и змееобразные формы появляются именно среди вторых. Чешуеноги, разные безногие сцинки и веретеницевые, змеи - это всё как раз Scleroglossa. А среди игуаний таких форм, насколько я знаю, не наблюдается.
Это уже скорее из области филогении, а не эволюции змей